天启革新开始之后，总统事务府原本打算立刻废除全部的卫所制度，而以完全的常备军制度来代替，但这一改革在一开始就遭到了包括孙承宗在内的反对，为了应对这一情况，由张子云和冯君晨亲自出面说服了孙承宗，随后便正式确立了南北分制的方案，其具体措施是，首先废除南方诸省已经完全失去战斗力的卫所制度，所有卫所土地以赎买的策略由陆军部出面回购，然后由民政部和户部出面将资金补充给陆军部，并将一些土地以低于市价的价格还给那些由卫所转变为地主的卫所长官，以换取这些卫所长官的支持，剩下的土地则以划分的方式补充给那些已经失去战斗力的卫所普通士兵，多数早就已经名存实亡的卫所在第一阶段就遭到了废除，使得这些地区的军事开支能够大大的精简，这也为后来建立常备军制度提供了经验。

    天启元年正月，总统事务府正式成立，陆军部和海军部也正是组建，陆军部下设总参谋局、作战局、后勤局、武备训练局、情报局、陆军学校等机构，以保证陆军的正式组建，其核心成员基本来自模范军的军官团，这是未来帝国军官团的核心力量。

    天启二年元月，帝国正式颁布《帝国现役律》，规定帝国实施义务兵役制度，所有帝国十七岁至三十岁的男性公民都要接受征兵登记，并有义务为帝国服役五年，对于其中优秀者，陆军会顺势延长服役时间。

    天启二年六月，张子云的模范军正式并入帝国陆军，成为帝国陆军的核心，到了天启四年七月间，南方的帝国陆军已经拥有26.7万人，包括步兵、骑兵、炮兵、后勤及辎重部队，其主力编为六个军，分别驻扎在登州、南京、台湾、广州、长沙、南宁等地。

    除此之外，还设立了三个方面军司令部，分别是预备驻扎在朝鲜的朝鲜方面军司令部、驻扎在广州的南洋方面军司令部以及驻扎在登州的中央方面军司令部，这些司令部权力很大，直接接受总统事务府的直辖管理，因为战争需要，往往由司令部直接指挥所辖地域的陆海军军事力量，以提高战争的效率，司令部的最高指挥官往往就是该战区的指挥官，其总司令多数情况下是由中央方面直接指派，文武官员都有，文官一般是该地区的总督，武官则一般是中央的中将以上军衔军官，这也是日后帝国军队对海外战事所采取的常规手段。

    相对于南方建立起强大的帝国军队，北方的反应则相当的迟缓，天启三年，陆军部向兵部建议，在九边一线，进行小规模的军事改制，孙承宗则建议，由徐光启负责，改组负责京师守卫的三大营，建立新的军事力量，但遭到了强烈反对，孙承宗本来想强制推行这项改革，但是最终爆发了“荫封徐鹏案”，在三大营的荫封户徐鹏在兵部服毒自尽之后，三大营的改制最终被迫停止。

    天启皇帝登基之后，在张子云和设在南京的帝国中央陆军学校的帮助之下，为皇帝训练了一支皇家禁卫团，后来在孙承宗的倡议之下，将该团的规模扩大为六个团，这六个团完全接受模范军军官的军事训练，所有军官也全部在帝国中央陆军学校受训，使得这六个团成为了北方明军中最具战斗力的部队。

    北方陆军的其他部分改革则相对缓慢，九边和辽东驻地的帝国军队依然保留了卫所制度，并且以各种理由抵制改革，当地的多数将领视军队为私产，使得军队的战斗力低下，这也为日后帝国陆军的分裂埋下了祸根。

    海军方面，改革推行以后，海军部正式接管了对于帝国水域所有舰船、军用港口和官兵的管理，因为明朝海军的最基本统计都没做过，所以海军部由张子云主持，组成了一个由雷斯卡、林镇远、邓昭为首的海军调查委员会，他们耗费了大半年，调查了大量的资料数据，为帝国海军的建设提供了第一手资料，根据海军调查委员会的报告，天启三年，海军部公布了帝国海军建设大纲

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